Os primeiros mil dias de vida, da concepção aos dois anos, constituem uma fase crítica do desenvolvimento humano, marcada por elevada plasticidade biológica e influência ambiental. A epigenética atua na programação metabólica, modulando a expressão gênica sem alterar o DNA. Este estudo analisou mecanismos epigenéticos relacionados a desfechos metabólicos futuros. Trata-se de revisão integrativa, conforme o PRISMA, realizada nas bases PubMed e SciELO, incluindo estudos dos últimos cinco anos, em português e inglês. Os achados destacam a metilação do DNA, modificações de histonas e microRNAs como principais mecanismos de plasticidade fenotípica. A nutrição materno-infantil, especialmente folato, vitamina B12 e colina, influencia a regulação metabólica. Desequilíbrios nutricionais podem promover alterações epigenéticas persistentes, aumentando a suscetibilidade à obesidade, diabetes tipo 2 e doenças cardiovasculares. Conclui-se que intervenções nutricionais e aleitamento materno são estratégias fundamentais para prevenção de doenças crônicas.